Klub byl založen v roce1907 a přezdívá se jiregina delle provinciali (královna provincie), protože se již zúčastnila 64 sezon vnejvyšší lize a je to tým s nejvyšším počtem účastí v nejvyšší lize, které nezískaloScudetto. Také drží rekord v počtů postupů do nejvyšší ligy. Za svou více než 110 letou historii odehrál pět utkání ve fináleItalského poháru, ale jen jednou ji vyhrál (1962/63). Vlize obsadil třikrát 3. místo po sobě (2018/19 až 2020/21). Také se třikrát zúčastnil vLM a při hraní ve2. lize se probojoval do semifinálePoháru PVP 1987/88. Je členemEvropské klubové asociace. Největším úspěchem ve vítězství vEL 2023/24.
Klub založili středoškoláci Eugenio Urio, Julius a Ferruccio Amati, Alessandro Forlini a John Roberti17. října1907 jakoSocietà Bergamasca di Ginnastica e Sports Atletici Atalanta.Italská fotbalová federace jej registrovala až v roce1914. V roce1920 se klub sloučil seSocietà Bergamasca di Ginnastica e Scherma (společnost gymnastiky a šermu ve městěBergamo) a vznikl tak názevAtalanta Bergamasca Calcio. Klub hrál regionální soutěže a donejvyšší soutěže se dostal v sezoně1928/29. Po jedné sezoně se vrátil zpět dodruhé ligy a v roce1933 riskoval bankrot, ale díky sbírce mezi kluby se zachránil. Vnejvyšší lize se usadil od sezony1940/41 do sezony1957/58, kdy sestoupil. Nejlepší umístění v tomto období bylo páté místo ze sezony1947/48. Následovalo jedno sezonní hraní vedruhé lize a návrat donejvyšší ligy. Klub se dostal do semifinálestředoevropského poháru v sezoně1961/62.
Prvním velkým úspěchem klubu bylo vítězství vitalském poháru v ročníku1962/63, když ve finále porazil 3:1Turín. Sezonu1968/69 končil klub v tabulce na posledním místě a sestoupil. Návrat donejvyšší ligy se konal za dvě sezony. Pak sestoupil díky skóre v sezoně1972/73 adruhou ligu hrál kromě dvou sezon (1977/78 a1978/79) do ročníku1980/81. Skončil na sestupovém místě a sezonu 1981/82 hrál prvnětřetí ligu. Po vítězné sezoně 1981/82 se vrátil dodruhé ligy.
V sezoně1983/84 vyhráldruhou ligu a tím i postup. Klub dosáhl druhého místa vestředoevropském poháru v sezoně1984/85. V sezoně1986/87 klub opět sestoupil, ale dostal se do fináleitalského poháru. V něm prohrál po výsledcích 0:3 a 0:1 sNeapolí a kvalifikoval se dopoháru PVP. V něm došel klub do semifinále, kde prohrál s budoucími šampionyKV Mechelen (1:2, 1:2). Opět po jedné sezoně postoupil a 6. místem v sezoně1988/89 se kvalifikoval dopoháru UEFA, kde skončil v 1. kole. Čtvrtfinále si zahrál v ročníku1990/91, zde prohrál s budoucím šampionemInterem (0:0, 0:2). Sezonu1994/95 hrál vedruhé lize a díky čtvrtému místu slavil postup. FotbalistaFilippo Inzaghi se stal nejlepším střelcem sezony1995/96 a díky jemu, který vstřelil 24 branek, se klub zachránil v lize a také se dostal do fináleitalského poháru. Prohrál jej sFiorentinou (0:1,0:2).
Sezóna2019/20 přinesla zlomení několika rekordů. V červenci pokořila rekord z roku1952, když se rovnou tři její hráči –Josip Iličić,Duván Zapata aLuis Muriel – dostali na hranici 15 a více vstřelených branek.[1] Dalším rekordem se stala řada 11 venkovních výher za sebou v jedné sezóně.[2]
1919/20 • 3. místo ve skupině B Lombardie Severní části v1. lize.
1920 • Ke klubu se připojil klubSocietà Bergamasca di Ginnastica e Scherma, změnil se název naAtalanta e Bergamasca di Ginnastica e Scherma a pak naAtalanta Bergamasca Calcio.
1920/21 • 4. místo ve skupině B Lombardie Severní části v1. lize. Díky administrativě nesestoupil.
1921/22 • 3. místo ve skupině B Lombardie Severní části v1. lize.Sestup do 2. ligy.
1922/23 • 2. místo v semifinálové skupině B Severní části ve2. lize.
1923/24 • 3. místo ve skupině C Severní části ve2. lize.
1924/25 • 7. místo ve skupině B Severní části ve2. lize.
1925/26 • 3. místo ve skupině A Severní části ve2. lize.
1926/27 • 2. místo ve skupině B Severní části ve2. lize
1927/28 • 1. místo ve finálové skupině Severní části ve2. lize.Postup do 1. ligy.
1928/29 • 14. místo ve skupině A v1. lize.Sestup do Serie B.