Horní tok (délka 900 km) probíhá od soutoku zdrojnic doBlagověščensku, kde do Amuru ústíZeja. Má převážně horský charakter. Nad přítokemAmu-er-che je údolí řeky zřetelná. Nevelké kotliny jsou spojené zúženýmisoutěskami mezi nimi. Svahy údolí jsouskalnaté, vysoké a rychlost toku řeky je velká. Zprava až k řece zasahují výběžky pohoříVelký Chingan. Níže řeka teče meziAmursko-zejskou pahorkatinou ahřbetemIlchuri Alin. Údolí řeky se rozšiřuje a objevují se rozvinutémeandry (např.Korsakovské krivuny dlouhé 45 km a široké 0,6 km).
Střední tok (délka 1 000 km) probíhá od Blagověščensku (ústí Zeji) doChabarovsku. Řeka nejprve teče podél sníženého okrajeZejsko-burejské nížiny a poté protíná hřbetMalý Chingan a vtéká doStředněamurské nížiny. Na tomto úseku Amur získává charakter rovinné řeky. Teče širokým údolím a koryto je lemováno nízkýmibažinatými břehy. Na řece jsou mnohé mělčiny a ostrovy. Mezi nimi protékající ramena neboliprůtoky, které se zde nazývajírazboje. Rychlost proudu se snižuje. Výjimku tvoří 150 km dlouhý úsek, na kterém řeka protínáMalý Chingan, kde řeka protéká malebnýmkaňonem v jediném korytě a vytváří mohutný vodní tok. Na středním toku získává Amur hlavní vodní zdroje. Ústí zde do něj všechny hlavní přítoky zlevaZeja aBureja a zpravaSungari aUssuri.
Dolní tok začíná u Chabarovsku. Řeka protéká širokým údolím napříčDolnoamurskou nížinou. Koryto řeky se rozvětvuje na ramena a širokýúval se vyznačuje velkým množstvím jezer. Jezera jsou spojená s Amuremprůtoky. Největší jsouBoloň,Udyľ,Oreľ,Kizi. Na tomto úseku přijímá pouze jeden významnýpřítok,Amguň a to u samého ústí. PodNikolajevskem na Amuru začíná mělkýAmurský liman dlouhý 48 km.
Hlavní část vody (přibližně ⅔) získává řeka díky letním a podzimnímmonzunovýmdešťům. V zimě zde není mnohosněhu a tak jeho tání na jaře způsobuje pouze málo výrazné zvýšení hladiny. Bezprostředně poté začínají právě letní monzuny. V dubnu stoupá voda díky tání sněhu v rovinách a v květnu díky tání sněhu na horách. Nejnižší úrovně hladiny dosahuje na konci zimy. Rozdíl výšky hladiny činí na horním a středním toku 10 až 15 m a na dolním toku 6 až 7 m. Za léto dochází ke 4 až 6povodním. V ústí můžeme sledovatpřílivové aodlivové kolísání úrovně hladiny, které dosahuje 1,5 až 2,6 m. Zamrzá nejprve horní tok na začátku listopadu a poté do konce listopadu dolní tok. Rozmrzání začíná na dolním toku na konci dubna a pokračuje až do začátku května na horním toku. Na jaře při tání vznikajíledové zátarasy, které způsobují zvednutí vodní hladiny až o 15 m. Jindy se při silných deštích rozlévá řeka na středním a dolním toku do šířky 10 až 25 km a takto široká je až 70 dní. Mohou tak být částečně zatopená velká městaBlagověščensk aChabarovsk. K velkým záplavám došlo v letech1897,1928,1956.Průměrný roční odtok je 343 km³ (tzn.průtok 10 800 m³/s), u Chabarovsku 7 549 m³/s a uPokrovky na začátku Amuru 868 m³/s.
Amur je významná řeka a jako takový se stal zdrojem pro mnohá jména. Byla podle něj pojmenovánaAmurská oblast (federální subjektRuské federace) i hokejový klubAmur Chabarovsk. Stejně tak se promítla do pojmenování organismů žijících v jejím povodí. Jako původní oblast výskytu dala v českém jazyce jméno např.amurům čiužovce amurské.
