隋置彭水县。因彭水得名．彭为鼓声，黔江峡水澎湃之声似彭，因名。1983年改为彭水苗族土家族自治县。
1998年11月27日，朱砂乡人民政府驻地由陈家园迁移到陈家园村大田角，共和乡人民政府驻地由铁碛坝迁移到共和村凉风洞，新化乡人民政府驻地由何家坝迁移到井溪村白虎场（渝府[1998]202号）。
2000年，彭水苗族土家族自治县辖汉葭、郁山、高谷3个镇；城郊、岩东、下岩西、文武、青定水、火石、葡萄、龙射、平安、下塘、共和、鹿鸣、合理、大河坝、木楠、东流、乔梓、迁桥、羊头铺、长滩、凤鸣、普子、三义、桐荣、砂石、棣棠、太元、联合、连湖、石柳、朱砂、龙溪、走马、清平、芦塘、桑柘、鹿箐、同河、小厂、桐楼、诸佛、珍加、梅子桠、新田、新场、鹿角、大园、鞍子、新化、善感、双龙、石盘、万足、上岩西、大厂、猴栗、朗溪、龙塘坝、大垭、润溪、龙洋61个乡。 根据第五次人口普查数据：全县总人口590228人，其中：汉葭镇 43118人、郁山镇 21448人、高谷镇 10543人、城郊乡 11417人、岩东乡 9704人、下岩西乡 10498人、文武乡 4859人、靛水乡 12411人、火石乡 5206人、葡萄乡 4566人、龙射乡 14193人、平安乡 10259人、下塘乡 5215人、共和乡 4242人、鹿鸣乡 10169人、合理乡 4846人、大河坝乡 11419人、木南乡 6182人、东流乡 3366人、乔梓乡 10083人、迁乔乡 9523人、羊头铺乡 8416人、长滩乡 10733人、凤鸣乡 10000人、普子乡 10703人、三义乡 6527人、桐荣乡 5508人、砂石乡 11628人、棣棠乡 10915人、太原乡 10691人、联合乡 12605人、连湖乡 17608人、石柳乡 9517人、朱砂乡 11952人、龙溪乡 14858人、走马乡 15669人、清平乡 11837人、芦塘乡 7296人、桑柘乡 15064人、鹿箐乡 3791人、同河乡 8864人、小厂乡 6878人、桐楼乡 4847人、诸佛乡 6724人、珍加乡 6804人、梅子垭乡 10973人、 新田乡 11240人、新场乡 8016人、鹿角乡 4931人、大园乡 6891人、鞍子乡 9811人、新化乡 5038人、善感乡 6585人、双龙乡 5050人、石盘乡 3211人、万足乡 5720人、上岩西乡 10739人、大厂乡 2661人、猴栗乡 3497人、朗溪乡 7411人、龙塘坝乡 7478人、大垭乡 5516人、润溪乡 6922人、龙洋乡 5836人。
2001年7月2日，渝府[2001]129号批复同意彭水苗族土家族自治县将64个乡镇调整为39个乡镇，其中撤销43个乡镇，保留21个乡，重新设置10个镇、8个乡。调整后，乡镇平均面积由调整前的61平方千米扩大至100.13平方千米，乡镇平均人口由调整前的9663人增至15857人：
一、撤销汉葭、高谷、郁山3个镇及城郊、下岩西、火石、文武、靛水、共和、下塘、合理、鹿鸣、葡萄、龙射、砂石、桐荣、普子、朱砂、东流、乔梓、新场、新田、鹿菁、同河、诸佛、桑柘、珍加、大园、鹿角、新化、鞍子、上岩西、猴栗、大厂、龙洋、润溪、连湖、木南、羊头铺、清平、大河坝、凤鸣、长滩等40个乡。
二、保留棣棠、小厂、梅子垭、石盘、万足、双龙、大垭、石柳、三义、平安、走马、芦塘、龙溪、善感、朗溪、龙塘、联合、迁乔、太原、桐楼、岩东等21个乡。
三、重新设立10个镇、8个乡2002年7月5日，诸佛乡政府驻地由诸佛岗迁至双合场（渝府[2002]103号）。 2002年，彭水苗族土家族自辖10个镇、29个乡，12个居委会、622个村委会。年末户籍总人口62.71万人，其中非农业人口5.64万人。
2006年，彭水苗族土家族自治县辖10个镇、29个乡：汉葭镇、保家镇、郁山镇、高谷镇、桑柘镇、鹿角镇、黄家镇、普子镇、龙射镇、连湖镇、靛水乡、岩东乡、鹿鸣乡、平安乡、棣棠乡、太原乡、三义乡、联合乡、石柳乡、龙溪乡、走马乡、芦塘乡、长滩乡、乔梓乡、迁乔乡、新田乡、梅子垭乡、诸佛乡、小厂乡、桐楼乡、万足乡、鞍子乡、善感乡、双龙乡、石盘乡、大垭乡、润溪乡、朗溪乡、龙塘乡。
2007年10月29日，《重庆市人民政府关于撤销彭水苗族土家族自治县万足乡设立万足镇的批复》（渝府[2007]163号）：同意撤销万足乡，设立万足镇。设镇后其行政区域和政府驻地不变。
