巴南区由巴县改设而成，从古至今名凡五易。在刘宋以前曰江洲，齐、梁、西魏曰垫江，自宇文周曰巴县，民国元年（1912年）易名重庆府，民国2年恢复巴县。1995年始为今称。
西周至战国，辖境属巴国地。周慎靓王五年（公元前316年）秦灭巴国，周赧王元年（公元前314年）秦在巴国旧域设县治理，江州县为其一，隶于巴郡。南齐永明五年（公元487年），改江州县为垫江县，北周武成三年（561年）又改垫江县为巴县，并废枳县入于巴县。
巴县新置时属楚州巴郡，隋代属渝州、巴郡，唐代属渝州、南平郡、渝州，宋代属渝州、恭州、重庆府。元代属重庆路，明清时期属重庆府；辛亥革命后由重庆蜀军政府直辖，民国2年属川东道（后改为东川道），民国17年属四川省；解放初属川东区巴县专区，旋属璧山专区，1951年1月改属重庆市，1953年2月划属四川省江津专区，1958年11月回属重庆市。1994年12月，撤县设区，为重庆市辖近郊城市区。
自周赧王元年（公元前314年）起至民国28年（1939年）间，均设县治于今重庆市渝中区解放东路，历与郡、州、路、府同城而治，并为附廓大县。此后治地多迁。民国28年，按国民政府令，县政府迁至市外办公，暂住人和乡（今九龙坡区华岩镇），民国30年迁驻新治李家沱马王坪。解放后由于市县界变动，于1952年10月暂迁南温泉，1954年1月迁驻鱼洞镇。改县设区后治地仍旧。
由县而区，古今沿革，辖境多易：
巴县新置时，幅员辽阔，辖今之渝中区、江北区、沙坪坝区、九龙坡区、大渡口区、巴南区、南岸区、渝北区、北碚区大部、璧山县、长寿县和涪陵市枳城区、李渡区、南川市、武隆县所属区域。
北周保定四年（564年），划出今涪陵市枳城区、李渡区、武隆县所属区域，置涪陵镇。
唐武德元年（618年）、武德三年（620年）、贞观四年（630年）、贞观十一年（637年）、至德二年（757年），划出今长寿县、南川市所属区域及中梁山以西大部分地区，先后分置永安、乐温、温山、南平、隆化、璧山诸县。
元至元二十二年（1285年）废壁山，其地并入。
明成化十九年（1483年），划出缙云山以西境域，复置璧山县。清乾隆二十四年（1759年），划出今江北区、渝北区所属区域及北碚区所辖嘉陵江以北地区，置江北厅，又划出祥里部分地区（宋代依来乡）隶璧山县。
民国18年（1929年）重庆建市，自民国21年市县划界起至1960年的28年间，迭经市县界变动和邻县县界调整，先后划出县境中梁山与长江、嘉陵江之间除今跳蹬镇以外的地区（含当时的重庆城区）、今歇马镇及其以北的地区、今南泉镇及沿铜锣山至峡口镇的沿江地区、高歇和马鬃两乡所属区域。其间于1953年，原属北碚市的关口乡划入巴县。
至1994年，县境东西宽73公里，南北长70公里，幅员面积2551.26平方公里，仍三面环绕重庆市区。
1994年12月，改巴县为重庆市巴南区，并在1995年2-3月间相应进行辖区调整，划出原巴县所辖长江以北的全部境域和长江以南的长生桥、迎龙、广阳3镇所属区域，划入九龙坡区所属长江南岸的地区（除二塘村划归南岸区外），遂成今之巴南区域。
