Es diu que a Zutkerque hi va haver una mansió delsTemplaris.
El poble posseïa un castell que datava dels temps deJuli Cèsar que rebia el nom dele Promontoire. El1396, Philippe le Hardi, duc deBorgonya, es va allotjar al castell. Els anglesos el prengueren el1405, però més tard va passar a mans primer deLluís XI i després del reianglèsEnric VII.
Finalment, el1542 va ser completament destruït pels francesos, que el1595 van saquejar l'església del poble. El7 d'agost del1635, un regiment de tropes espanyoles vingudes de Saint-Omer prengué el poble, que els francesos van recuperar tres anys més tard.
El seu nom és mencionat per primera vegada el1084, i ve delflamenc: significa "església del sud" (en contrast ambNortkerque, "església del nord").