Sónheteròtrofs que en lacadena tròfica ocupen les primeres posicions de consumidors, alimentant-se dels productors primaris (components delfitoplàncton), d'organismesdescomponedors, combacteris, o d'altres components delzooplàncton. Alguns s'alimenten de residus orgànics particulats.
En molts casos els integrants delzooplàncton guarden una gran proximitat sistemàtica amb altres delfitoplàncton, de vegades fins i tot són del mateix gènere. Moltesalguesunicel·lulars flagel·lades simultanegen o alternen la fotosíntesi amb la ingestió d'aliments orgànics.