Va néixer amb el nom d'Otó o Eudes,[3] a l'entorn de l'any 1035 en una modesta família de cavallers, d'un senyor feudal dels comtes de Champagne, senyor deBinson.[4] Va rebre el primer ensenyament a l'escola de lacatedral de Reims. Hi va continuar la carrera eclesiàstica com canonge i després arxidiaca. Devers l'any 1070 va decidir ingressar a l'Orde benedictí.[4] Sota la influència del seu mestre,Bruno de Colònia, va ingressar en elmonestir de Cluny, i amb el temps en va esdevenir el prior. El1078,Gregori VII el va intimar aItàlia, on va ser nomenat cardenal bisbe d'Òstia i va esdevenir conseller papal.[5]
Otó va destacar des del primer moment com un dels més ferms defensors de lesreformes gregorianes, especialment des de les posicions com a diplomàtic deRoma aFrança iAlemanya que va ocupar entre el1083 i el1085. Va encarar l'emperador d'Alemanya per primera vegada el1083, quanEnric IV el va fer empresonar durant un breu període. Destacat aSaxònia el1085, es va encarregar de posar partidaris de Gregori a la majoria dels seus.
Se'l veia com un dels papables encara que a la mort de Gregori VII, el1086, es va escollir l'abat deMontecassino, Desideri que va prendre el nom deVíctor III durant un papat d'amb prou feines dos anys. Otó s'hi havia enfrontat en un principi, però poc abans de morir Victor III l'havia recomanat com successor.[6]
A Roma governava l'anomenatantipapa Clement III, nomenat per l'emperadorEnric IV.[5] Per això, els cardenals no hi poden anar i es van aplegar aTerracina, una ciutat costenca uns cent quilòmetres al sud de Roma, on van ser protegits per l'exèrcit normand.[6] Va ser escollit papa per unanimitat el12 de maig del1088. Va escollir el nom d'Urbà II.
Des del primer moment, Urbà II es va manifestar com un estricte continuista de la política duta a terme perGregori VII. Al seu primer acte oficial va dir que «tot el que ell rebutja, jo rebutjo, el que ell condemna, jo ho condemno, el que ell estimava, jo ho abraço, el que ell considerava verdader, jo ho confirmo i ho aprovo». La seva arribada a Roma es va veure complicada per la forta oposició d'Alemanya i l'antipapaCliment III, que havia ocupat la ciutat. Va obtenir l'ajuda dels normands deRoger I de Sicília després d'una visita llampec aSicília, que li va permetre entrar definitivament aRoma, encara que va haver de combatre durant tres dies contra les tropes de l'antipapa abans de poder entrar a l'església de Sant Pere. Durant aquest difícil accés va excomunicar Climent III i el seu aliat, l'emperadorEnric IV.
En els anys següents va tractar de recuperar la seva antiga esfera d'influència a Alemanya, en clara confrontació amb l'emperador. Per això, va casar l'anciana contesa víduaMatilde de Toscana amb el comteGüelf de Baviera, de divuit anys, en esperar que s'aliés en la guerra contra Enric IV al nord d'Itàlia. També va sancionar que no es podia obligar eclesiàstics a jurar fidelitat a autoritats laiques, cosa que tindria grans conseqüències en segles posteriors. A pesar d'aquests esforços, el1089 es va veure obligat a deixar Roma, que va tornar a ser ocupada per Climent III, i va passar els tres anys següents convocant diversos sínodes aAmalfi,Benevent iTroia, en les quals es van adoptar mesures contra lasimonia, la llei d'investidures i el matrimoni d'eclesiàstics. El1093 es va afiliar a laLliga Llombarda per obtenir ajuda per a coronar com arei dels RomansConrad, fill d'Enric IV, mitjançant la qual aquest tractava d'arrabassar el govern d'Itàlia al seu pare.
L'any1095, Urbà II va excomunicar també el reiFelip I de França, pel fet que aquest havia repudiat la seva esposaAnna de Kíev per casar-se a continuació ambBertrada de Montfort. Va prohibir a investidura temporal i que els sacerdots i bisbes retin homenatge al poder civil.[7] El papa quedava enfrontat als dos monarques més poderosos d'Europa del moment.
Proclamació de laPrimera Croada per Urbà II al concili de Clermont (il·lustració imaginària per deGustave Doré al segle xix)
La idea d'una aliança militar entre tots els països de l'Europa cristiana amb l'objectiu d'atacar un enemic comú, fins aleshores inaudita, va començar a gestar-se el març de1095, durant el concili dePiacenza.[7] Davant d'una nodrida concentració de bisbes francesos, borgonyons i italians (el seu nombre era tal que la reunió va haver de fer-se als afores de la ciutat), Urbà II va rebre la visita d'un ambaixador de l'emperador romà d'OrientAleix I Comnè, que demanava ajuda contra elsturcs seljúcides. Aquest havien derrotat els romans d'Orient en labatalla de Mantziciert (1071) i a partir del1073 havien pres el control de l'interior d'Anatòlia, que fins aleshores havia sigut la principal àrea de producció de cereals, cavalls i genets de l'Imperi. Des d'allà amenaçaven l'hegemonia romana d'Orient de la península.
Urbà no es va limitar a garantir la seva ajuda als romans d'Orient i ben aviat va concebre la idea d'arrabassarJerusalem i el resta deTerra Santa als selèucides, ficant-los sota el control dels europeus occidentals. El novembre del1095 va convocar elConcili de Clermont per presentar el seu projecte. Hi van assistir en la seva major part clergues d'origen francès. Cercava resoldre el difícil problema de la pau a la cristiandat occidental, turmentada des de més d'un segle per les guerres feudals amb les múltiples depredacions, en detriment de la població indefensa i del patrimoni de l'església. Veia una solució en crear un enemic comú, els «sarraïns» que ocupaven la terra santa.[8]
Els assistents es van deixar seduir pel seu discurs, al qual va pretendre entre altres coses que Déu havia escollitFrança com a guia de la cristiandat per alliberar les terres sagrades deCanaan del domini dels infidels musulmans. Va prometre a tothom que hi participés que veuria perdonats els seus pecats i seria recompensat a la seva arribada aPalestina amb terres fèrtils d'aquesta, riques en llet i mel. Quan va preguntar als assistents, si posarien la seva espasa al servei de Déu, tota l'audiència va respondre amb el crit«Dieu le veut!» (‘Déu ho vol!’).[9]
A l'any següent va marxar una nodrida expedició de cavallers, soldats, clergues, i camperols europeus cap a Orient. La majoria eren francesos (raó per la qual el francès es convertiria en la llengua franca dels croats i els seus futurs estats al Pròxim Orient), encara que també hi havianormands,lorenesos iflamencs en gran nombre. Dirigits perJofré de Bouillon,Balduí de Flandes,Robert II de Normandia iRamon de Tolosa entre d'altres, els croats van arribar aConstantinoble, van prendreNicea i van expulsar lentament als turcs d'Anatòlia fins a arribar aAntioquia que va ser tornada als romans d'Orient i gràcies a això van continuar sent la potència hegemònica en Orient i un cop reconquerida aquesta van marxar cap al sud per assetjar Jerusalem, l'objectiu de la croada. Urbà II va procurar mantenir-se informat dels avanços de l'empresa tan aviat com fos possible. Els croats van conquerir Jerusalem el 15 de juliol de 1099, però la notícia encara no havia arribat a Roma quan Urbà II hi va morir el29 de juliol del1099.[5] El benedictí toscà, Raniero de Bieda va ser escollit com a successor el 13 d'agosto, i va prendre el nom dePasqual II.
Transfer de Sicília i Campània del patriarcat de Constantinoble al de Roma
Quasi tan arriscada com la proclamació de laPrimera Croada va ser la política d'Urbà II de convertir al catolicisme romà el sud de lapenínsula Itàlica iSicília, on tot i que la majoria dels habitants ja eren cristians, reconeixien com a autoritat elpatriarca de Constantinoble i no pas el papa. Seguien el ritual grec en lloc del llatí.
L'objectiu era d'expulsar l'Església Ortodoxa i sotmetre la regió a l'autoritat de Roma. Urbà II hi va reeixir gràcies a les seves bones relacions amb els normands que administraven la regió. Aquests es van reforçar a partir del 1098 en concedir noves prerrogatives extraordinàries al reiRoger I, que el van capacitar entre altres coses per nomenar bisbes i cobrar elsdelmes de les esglésies construïdes en la regió. Aquest poder va convertir Roger en una mena de delegat del papa a les seves terres, i amb el temps això conduirà els reis de Nàpols i Sicília a ser considerats com mers feuaters papals. Això influiria fortament en els posteriors enfrontaments entre França i Aragó pel domini del territori.
A Sicília es van construir moltes esglésies, es van crear noves diòcesis i es va definir una nova jerarquia eclesiàstica local des de zero. Per la seva part,Adelaida de Montferrat, l'esposa llombarda de Roger I, va dirigir personalment l'emigració de camperols de la vall del Po a la zona est de l'illa fins aleshores poc poblada.
Hi ha certs indicis d'un culte a la figura d'Urbà II que hauria començat poc després de la seva mort. Per exemple, entre les figures dibuixades a l'absis de l'oratori del palau del Laterà, construït perCalixt II, se'n pot veure un retrat sota el qual s'escriu deSanctus Urbanus Secundus («Sant Urbà II»). Dita figura apareix coronada per un núvol quadrat i situat als peus de la Mare de Déu. Va trigar fins 1878, quan l'arquebisbe de Reims va obrir la causa de beatificació el1878. El14 de juliol del1881, elLleó XIII el va beatificar.