El primer assentament de Ratisbona data de l'edat de pedra. El nom celta eraRadasbona. Cap a l'any 90 els romans hi varen construir una fortificació que es deiaCastra Regina ('fortalesa al riu Regen').[1] Correspon a l'actualAltstadt ("Ciutat antiga") de Ratisbona. Es creu que en època romana la ciutat era seu d'un bisbat iBonifaci de Fulda restablí la diòcesi de Ratisbona l'any 739.
Des de l'any 530 al segle xiii Ratisbona va ser la capital de Baviera. El consell de bisbes condemnà l'heretgia de l'adopcionisme adoptada pels bisbes d'EspanyaElipand de Toledo iFèlix d'Urgell. La diòcesi de Ratisbona inicià la cristianització dels txecs al segle ix i la diòcesi de Ratisbona va ser la metropolitana de la dePraga. L'any 1245 Ratisbona va esdevenir una Ciutat Imperial Lliure i un centre del comerç medieval. La ciutat adoptà la reforma protestant l'any 1542 dins el luteranisme. De 1663 a 1806, aquesta ciutat va ser la seu permanent de la Dieta Imperial delSacre Imperi Romanogermànic. El 1810, l'arxicanceller Carl Dalberg cedí Ratisbona alRegne de Baviera.
Entre el 19 i 23 d'abril de 1809 va ser l'escenari de labatalla de Ratisbona entre les forces franceses delBaró de Coutad i l'exèrcit d'Àustria.