Fou escrit originalment per a la Viquipèdia per l'estudiant i desenvolupadorMagnus Manske. Abans la Viquipèdia utilitzava un programari basat enPerl anomenatUseModWiki (aquest període és conegut com a "Fase I" per la comunitat viquipedista). Posteriorment, es va canviar a PHP amb aquest programari («Fase II») el25 de gener del2002. Aquest dia serà recordat per la comunitat com elDia de Magnus Manske.
Cap a mitjans del2002, gràcies a l'aportació deLee Daniel Crocker, el programari fou reescrit i millorat («Fase III»). Des de llavors s'ha estat desenvolupant a partir d'aquell codi. El29 d'agost del2003, aquest motor wiki utilitzat a la Viquipèdia, fins a aquell moment sense nom, va batejar-se amb el nom deMediaWiki. Aquest va triar-se de forma juganera a partir del nom de laFundació Wikimedia. Tanmateix, precisament per això, alguns ho critiquen perquè pot portar a confusió entre aquells nous usuaris de la comunitat.
A partir d'aquell moment, en seguiren versions públiques que poden baixar-se i utilitzar-se en projectes i usos que no tinguin res a veure amb la Viquipèdia.
