Itzaltzu és un topònim d'origenbasc. El nom antic eraIsisuloa, tal com apareix esmentat en un document del segle xi, quan únicament havia un monestir en el lloc. Aquest topònim antic significa en bascla foia d'avets, d'izei (avet) izuloa (el forat). Amb posterioritat va créixer el poble entorn del monestir i passaria a ser conegut com aItzaltzu. Alguns apunten la possibilitat que el nom derivi d'Izizulo, però els filòlegs consideren que són dos topònims diferents. Segons Mikel Belasko, per exemple, Itzaltzu significalloc ombrívol i provindria deitzal (ombra) i el sufix abundancial-(t)zu. Des de 2000 són cooficials el nom castellà i el basc del poble.
