El 2007 la població de fet de Gissey-sous-Flavigny era de 102 persones. Hi havia 48 famílies, de les quals 20 eren unipersonals (16 homes vivint sols i 4 dones vivint soles), 12 parelles sense fills, 12 parelles amb fills i 4 famílies monoparentals amb fills.
La població ha evolucionat segons el següent gràfic:[1]
El 2007 hi havia 82 habitatges, 51 eren l'habitatge principal de la família, 17 eren segones residències i 14 estaven desocupats. 79 eren cases i 2 eren apartaments. Dels 51 habitatges principals, 46 estaven ocupats pels seus propietaris, 3 estaven llogats i ocupats pels llogaters i 2 estaven cedits a títol gratuït; 1 tenia una cambra, 2 en tenien dues, 9 en tenien tres, 13 en tenien quatre i 26 en tenien cinc o més. 41 habitatges disposaven pel capbaix d'una plaça de pàrquing. A 23 habitatges hi havia un automòbil i a 22 n'hi havia dos o més.[2]
El 2007 la població en edat de treballar era de 59 persones, 44 eren actives i 15 eren inactives. De les 44 persones actives 42 estaven ocupades (26 homes i 16 dones) i 2 estaven aturades (1 home i 1 dona). De les 15 persones inactives 10 estaven jubilades, 3 estaven estudiant i 2 estaven classificades com a «altres inactius».[4]
El 2009 a Gissey-sous-Flavigny hi havia 50 unitats fiscals que integraven 99,5 persones, lamediana anual d'ingressos fiscals per persona era de 15.795 €.[5]