Climent VIII va néixer a la ciutat deFano (Pesaro i Urbino) comIppolito Aldobrandini en el si d'una distingida família. En el registre de la catedral de Fano consta que va ser batejat el4 de març. Era fill de Silvestre Aldobrandini, advocat florentí i governador de Fano, i de Lisa Donati; el seu germà Giovanni va ser cardenal.
Després d'estudiarjurisprudència aPàdua,Perusa iBolonya, va entrar al servei del cardenal Gabriela Paelotti, cosa que li va permetre donar-se a conèixer com a jurista i obtenir els càrrecs d'advocat consistorial i auditor delTribunal de la Rota Romana i de laDataria.
Ordenat sacerdot el1580, possiblement influït pel seu assessor espiritualFelip Neri, va ser nomenat el1585cardenal prevere deSant Pancràs. El1588 va actuar com a legat papal aPolònia on va aconseguir l'alliberament de l'arxiducMaximilià III que és la seva disputa pel tron polonès havia resultat derrotat i empresonat perSegimon Vasa.
Després de la mort d'Innocenci IX, entre el10 i el30 de gener de1592 va tenir lloc un tempestuósconclave en el qual el rei espanyolFelip II va intentar influir perquè, igual com havia succeït amb els dos papes anteriors, resultés elegit un pontífex proper als interessos espanyols. Tanmateix, el col·legi cardenalici, desitjós de deslliurar-se de la influència espanyola en els assumptes de l'Església, va aconseguir que el candidat elegit fos el cardenal Aldobrandini.
En1594 després de només dos anys de pontificat, va haver de fer front a la controvèrsia que enfrontava ajesuïtes idominics suscitada per la publicació, el1588, de l'obra del jesuïtaLuís de Molina "Sobre la concordia del libre albedrío con los dones de la gracia", en la qual abordava els efectes de la gràcia i ellliure albir. Per resoldre la polèmica va instituir, el1597, una comissió, laCongregatio d'auxillis gratia en la qual després de nou anys de sessions va establir que la publicació de qualsevol llibre requeria l'autorització prèvia delSant Ofici.
El19 de maig de1599, amb la publicació de labutllaAnnus Domini placabilis va anunciar eljubileu que hauria de celebrar-se el1600 i que suposaria l'arribada aRoma de tres milions de pelegrins.
Un dels aspectes més destacats del seu pontificat va ser l'alliberament de l'Església de la influència que sobre la seva política exercia el rei espanyolFelip II. Això implicava un canvi d'aliances per al qual era necessària la seva reconciliació amb elRegne de França, país amb el qual la Ciutat del Vaticà havia trencat les seves relacions el1572 arran dels esdeveniments coneguts com laNit de Sant Bartomeu (laSaint-Barthélemy), i que conduirien a l'excomunió del seu rei,Enric IV, pel papaSixt V després de l'abjuració que va fer del catolicisme.
Les guerres de religió que provoquen aquests fets es prolonguen fins a1593, any en el qual Enric IV després de veure's forçat a aixecar el cèrcol que tenia sotmèsParís davant de la sola aproximació dels terços espanyols procedents deFlandes, va comprendre la inestabilitat de la seva pròpia corona i va decidir abraçar novament elcatolicisme, deixant els defensors de l'ortodòxia cristiana sense raons en què basar la seva oposició a la nova monarquia borbònica.
Dos anys després, el25 de juliol de1595, Climent VIII va absoldre solemnement el rei convers, el va reconèixer com a rei legítim dels francesos i ho va admetre sense restriccions al si de l'Església.
El1597, Climent VIII va treure profit al seu canvi d'aliances quan, l'octubre, moria sense descendènciaAlfons II duc deFerrara; en aquell moment el papa va veure l'ocasió d'annexionar els territoris del duc alsEstats Pontificis.
Espanya no compartia el projecte de Climent i va maniobrar perquè Cèsar d'Este, un cosí il·legítim d'Alfons, donés continuïtat a la dinastia. Va ser llavors quan el papa va sol·licitar l'ajuda d'Enric IV que li va prometre l'ajut militar necessari per portar a terme el seu pla.
Felip II, que per aquestes dates semblava comprendre que tenia poques opcions, no va voler obrir un nou front de lluita i va desistir en l'intent. Les tropes pontifícies van poder així entrar a Ferrara sense obstrucció, ocupar la ciutat i integrar-la a les possessions de l'Església.
Aconseguit el seu objectiu, Climent va intervenir entre Espanya i França perquè entaulessin negociacions de pau que van culminar el2 de maig de1598 amb elTractat de Vervins.
L'aspecte més ombrívol del pontificat de Climent VIII va ser el procés, condemna i execució deGiordano Bruno. Acusat d'heretgia, aquest monjo benedictí va morir en lafoguera el17 de febrer de1600. El papaJoan Pau II va demanar excuses públiques en nom de l'Església per aquest fet.
Aplicant lesprofecies de Sant Malaquies als papes posteriors, a Climent VIII li correspondria el lema deCrux romulea (creu de Ròmul).