El nom debaiona podria provenir de baia - badia en llatí - amb l'addició del sufixaugmentatiu «-on». S'ha proposat també una etimologia basca:ibai ona -riu bo- però aquesta és probablement falsa, ja que el nom deBaiona es troba també a Galícia, on mai s'ha parlat basc. A l'Edat antiga, el nom basc de «Baiona» era «Lapurdi» («Lapurdum», pelsromans), que ha sobreviscut com anom de la província.
Baiona s'ha trobat històricament a la frontera lingüística entre el gascó i el basc. Al principi de l'edat antiga formava part del domini del basc (o de llengües del grup del basc) com bona part de laGascunya, però amb la romanització van passar al domini del llatí que va acabar transformant-se en el gascó, que és precisament el dialecteoccità més influït pel basc. A partir de finals del segle xviii la ciutat va créixer i es va convertir en un centre industrial i portuari, capital econòmica del territori deLapurdi i de bona part delPaís Basc del Nord, atraient prou immigració basca perquè la llengua basca hi predominés des d'aleshores sobre el gascó (no sobre el francès, que ha acabat imposant-se a tota la República).
La llengua tradicional de la conurbació formada perBiàrritz,Baiona iAnglet (que formen la comarca delBaix Ador) és l'occità gascó, segons les enquestes filològiques dels seglesxix ixx (veg. en particular l'Atlas linguistique de la Gascogne), però hi ha una forta presència delbasc deguda a una immigració rural recent del rerepaís bascòfon. En tot cas la llengua dominant hi és elfrancès des del segle xx. Els moviments culturals locals reivindiquen el gascó i el basc i han obtingut una retolació trilingüe en francès, en basc i en gascó.
Encara que la barreja entre bascos i gascons sembla la norma (per exemple, un bon tros de la riba delriu Ador es coneix com elPaís Charnègo,[2] o sigui, país mestís en gascó, pel mestissatge de bascos i gascons), diferents fonts difereixen a l'hora d'adscriure la ciutat a una o altra banda: mentre les fonts basques la consideren una ciutat de Lapurdi i gairebé sempre la seva capital, les fonts occitanes la situen (juntament amb les veïnesBiarritz iAnglet) dins del domini lingüístic occità.[3] Les fonts franceses en general opten per no prendre partit i destacar la bona convivència.
Des del segle xii va ser feu del rei anglès, i el juny de1374, a petició deLluís I de Provença, un exèrcit castellà i francès vaposar setge a Baiona, punt clau de comunicació entre elRegne de Navarra i elRegne d'Anglaterra.[4] Els castellans van posar setge per mar i per terra, però la resistència de la ciutat i la manca de col·laboració francesa va obligar a aixecar el setge Les negociacions portades entre1375 i1377 no porten a res i finalment caigué en mans franceses el1451, poc abans de la derrota anglesa a labatalla de Castillon i la caiguda deBurdeus que donava per acabada laguerra dels cent anys,[5] i s'aixeca el Château-Neuf a Baiona.[6]