Osnovan je 4. februara 1899. kao Fußballverein Werder. Na samom početku djelovanja ostvarivao je dobre rezultate osvajajući lokalna takmičenja. Godine 1920. mijenja ime u SV Werder Bremen. Dvije godine kasnije postaje prvi klub koji je zaposlio profesionalnog trenera. Werder je bio konkurentan tokom 1920-ih i 1930-ih u Oberligi i Gauligi, koje su predstavljale najviši nogometni rang u državi.
Kao i druge organizacije u Njemačkoj, bio je raspušten nakon okupacijeSaveznika poslijeDrugog svjetskog rata. Krajem 1945. ponovo je osnovan i nazvan Gymnastics and Sport Club Werder of 1945. Ime je ubrzo promijenjeno u Sport Club Green White of 1899, a vraćanje starog imena dopuštena im je 1946. U to vrijeme u nogometnim klubovima igrali su samo amateri. Tako je većina Werderovih igrača radila u obližnjoj fabrici duhana "Brinkmann", a nadimak im je bioTexas 11, prema marci cigareta koje je ta fabrika proizvodila.
