Filipov prvi brak, sklopljen 1543. sa njegovom rodicom, portugalskom prijestolonasljednicomMarijom Emanuelom, donio mu je sinaKarla. Marija je umrla 1545. ne nasljedivši portugalsku krunu, pa je Filip odlučio brakom sklopiti alijansu saEngleskom. Pristao je na brak s engleskom kraljicomMarijom I, kćerkom njegove pratetkeKatarine. Pred vjenčanje dobio jeKraljevstvo Napulj i titulu kraljaJeruzalema koja je uz njega došla, a engleski parlament ga je proglasio kraljem Engleske i Marijinim savladarem. Brak s Filipom učinio je Mariju I izuzetno nepopularnom u njenom narodu. Filip je ušao u brak sa jedanaest godina starijom rodicom čisto iz političkih razloga, dok je Marija vjerovala da je ispunjen strastvenom ljubavlju. Nakon samo četrnaest mjeseci bračnog života, Filip, koji je Mariju smatrao vrlo neatraktivnom, našao je izgovor da otplovi u Španiju.
Karlo I abdicirao je 16. januara 1556, pa je na španski tron sjeo Filip II, iako nije doselio u Španiju sve do očeve smrti 1558. Iste godine umire i Marija I, prošavaši kroz dvije lažne trudnoće, ali ne rodivši dijete. Time je Filip prestao biti kralj Engleske. Engleska kruna otišla je Marijinoj polusestri,Elizabeti I. Filip je zaprosio i Elizabetu, ali ga je ona odlučno odbila.
Godine 1559. završen je šezdesetogodišnji rat saFrancuskom, pa je Filip za suprugu izabraoElizabetu, kćer francuskog kraljaHenrika II. Karlo umire nedugo nakon ovog vjenčanja, izgladnjujući se do smrti u protestu protiv oca, koji mu nije dozvolio da napusti Španiju. Filipovi neprijatelji su ga optuživali da je sam naručio sinovo ubistvo.
Filipov četvrti brak sklopljen je sa kćerkom njegove sestre. Iz ovoga se braka rodio i Filipov nasljednik, budući kraljFilip III.
Filip kao kralj Engleske i Irske sa suprugom i savladaricom, Marijom I.
Nakon smrti Marije I, odnosi između Engleske i Španije su se naglo pogrošali zbog politike koju je vodila njena nasljednica, kraljica Elizabeta I. Cilj ove invazije je bio sprječavanje Engleske u pomaganju Ujedinjenim holandskim provincijama koje su tada bile dio Španske Holandije, kao i sprečavanje daljih napada engleskih gusara na španske posjede uAmerici i galije koje su prevozile zlato. Filip nije tolerirao Elizabetino dopuštanje toga gusarstva, a nesporazum sa njom nije uspio riješiti diplomatskim putem. Kao zvaničan razlog za invaziju uzeo jepapinsku bulu koju je izdaopapa Siksto V i koja je Elizabetu proglašavala heretikom, te pogubljenje katolkinje, zbačene škotske kraljiceMarije I. U julu 1587. dobio je zvaničnu dozvolu pape da izvrši invaziju na Englesku i vrati je katoličanstvu, te da sam izabere novog engleskog monarha.[1]
Armada je u početku imala veoma iskusnog komandanta, Álvaro de Bazán, 1. markiza od Santa Crusa, ali on je umro u februaru 1588, tako da je vojvoda od Medine Sidonije zauzeo njegovo mjesto. Flota je krenula sa 22 ratna broda Španske kraljevske mornarice i 108 trgovačkih brodova adaptiranih za borbu. Namjera je bila da se pređe La Manche, da se ukotvi u Flandriji gde je vojvoda Parme čekao spreman za invaziju na jugoistočnu Englesku.
Armada je postigla svoj prvi cilj i ukotvila se uSjevernom moru nedaleko od Gravelinesa, na morskoj granici izmeđuFrancuske i Španske Holandije. Dok su čekali na uspostavljanje komunikacije sa vojskom vojvode od Parme, engleski ratni brodovi su osuli paljbu po španskim brodovima, natjerali ih da dignu sidra i napuste mjesto sastanka sa vojvodom od Parme. Armada je uspjela da se regrupiše i povuče na sjever, dok su je progonili engleski brodovi. Povratak u Španiju je također bio poguban — snažne oluje su flotu skrenule sa kursa i više od 24 broda je nastradalo na sjevernoj i zapadnoj obaliIrske, dok su preživjeli našli utočište uŠkotskoj. Flota je izgubila oko pedeset plovila od početnih 22 galije i 108 naoružanih trgovačkih brodova.
Za vrijeme vladavine Filipa II Španija je dosegla vrhunac moći, ali je upoznala i granice iste. Nakon što je skoro u potpunosti preosvojio pobunjenuHolandiji, Filip ju je, zbog nespremnosti za popuštanje i tolerancijuprotestantizma, u potpunosti i zauvijek izgubio. Nije uspio sačuvati Holandiju niti potisnuti protestantizam, uprkos ogromnom bogatstvu zarađenom odjužnoameričkog srebra i portugalskih začina, te podršciHabsburgovaca.
Još jedna posljedica upornosti u održavanjukatoličanstva jedinom vjerom Španskog carstva putemInkvizicije bilo je lagano otupljenje intelektualnog života Španaca. Učenicima je bilo zabranjeno studirati van Španije i koristiti strane knjige, u strahu od prihvatanja protestantskih ideja. Iako je na ovaj način Španija sačuvana od reformacija koje su tada razarale evropska kraljevstva, ovo je plaćeno vrlo visokom cijenom, budući da su španske akademske institucije za vrijeme Filipovih nasljednika izgubile značaj i vrijednost.
Zbog Filipovog poimanja pravilnog postupanja sa hereticima, osim protestanata, patili su i Moriskoi (pirinejski muslimani), zbog čega isti dižu veliku lokalnu pobunu 1568. Troškovi prouzročeni Filipovim neprestanim ratovima i gušenjima pobuna u prevelikoj imperiji bili su razlog kasnije propasti Špansko-Habzburške dinastije. Lagana propast ovog carstva nije se ogledala za vrijeme Filipove vladavine, zbog snage sistema koji su razvili on i njegov otac, već tek generaciju nakon Filipove smrti.
Filipova vladavina se, ipak, ne može smatrati promašajem; ojačao je vlast u španskim prekooceanskimkolonijama, pred očima evropskih suparnika bogatio je zemlju uvozeći ogromne količine srebra, te se vrlo uspješno branio odOsmanlijskog carstva. Također je, nakon mnogo vjekova, ponovo uspio ujediniti Španiju i Portugal u personalnu uniju. Iako se protestantizam u Engleskoj obnovio za vrijemeElizabete I, u Holandiji učvrstio, a dio Njemačke ostao protestantski, očuvanje katoličanstva i potpuno uništavanje protestantizma u Španiji jedan je od njegovih najvećih postignutih ciljeva.
Filip II je umro 1598, uslijed neidentificiranog oblika raka koji je nešto prije ubio i njegovu zadnju supruguAnu. Nekoliko mjeseci prije smrti zemlje svoje naneMarije je prepustio svojoj kćerkiIzabeli Klari Eugeniji i zetuAlbertu, pod uvjetom da se mogući kasniji ženski nasljednik tih zemalja uda za kastiljskog kralja i da se one vrate kastiljskoj kruni ukoliko jedno od njih umre ne ostavivši djece.
