Sudeći po starim legendama, Efes su osnovale žene ratnice, poznate kaoAmazonke. Za ime grada se smatra da potiče od rečiapas, ime grada u "Kraljevstvu Arzava", što u prevodu znači "Grad Majke Boginje". Efes je naseljen još od krajabronzanog doba, ali je svoju lokaciju mijenjao nekoliko puta tokom svoje historije u saglasnosti sa običajima i potrebama. Najvjerovatnije je da su Karijani i Leležani bili među prvim stanovnicima grada. Misli se da su Jonske migracije počele oko1200. p. n. e. Po predanju, grad je osnovan po drugi put od strane Androkla, sina Kodra, kraljaAtine, na obali mjesta gdje se Kajster uliva umore. Jonski gradovi koji su nastali početkom jonskih migracija ujedinili su se u konfederaciju pod vođstvom Efesa. Region je uništen za vreme invazije Cimeriana početkom7. vijeka p. n. e. Pod vladavinom lidijskih kraljeva, Efes je postao jedan od najbogatijih gradova umediteranskom svijetu. Poraz lidijskog kralja Kreza546. p. n. e., odKira Velikog, kralja Perzije, otvorio je put za persijsku vladavinu duž cijelog priobalskog regiona Egeja. Početkom5. vijeka p. n. e., kada su se jonski gradovi pobunili protiv Perzije, Efes se brzo odvojio od ostalih gradova, i tako uspio izbjeći uništenje.
Efes je ostao pod persijskom vladavinom sve do dolaskaAleksandra Velikog334. p. n. e., koji je ušao u Efes poslije 50 godina mirnog vremena.Lizimah, koji je bio jedan od dvanaest Aleksandrovih generala i koji je postao vladar regiona poslije njegove smrti, riješio je da obnovi i razvije grad, koji je nazvao Arsineja, po njegovoj ženi Arsinoe. Izgradio je novu luku i odbrambene zidove na planinama Panajir i Bulbul, pomijerajući cijeli grad jugozapadno. Uvidjevši, međutim, da Efešani nerado napuštaju svoj stari grad, blokirao je sistem za navodnjavanje za vrijeme jedne velike oluje uništavajući kuće i tjerajući stanovnike da se presele.281. p. n. e. grad je ponovo osnovan pod imenom Efes i postao jedan od najvažnijih trgovačkih luka na Mediteranu.
U vrijeme arheoloških istraživanjaCelzusova biblioteka (ostaci)Kuća Djevice Marije
Smješten je na nekadašnjem ušću rijeke Kaystros. Sastoji od naizmjeničnih helenističkih i rimskih naselja podizanim na novim lokacijama, koje su pratile obalu dok se povlačila prema zapadu.
Arheolozi su otkrili nekoliko velikih spomenike iz različitih perioda:
Artemidin hram (ostaci iz helenističkog vremena), jedan od "Sedam svjetskih čuda", koje je privlačilo hodočasnike iz cijelog Mediterana.
Celzusova biblioteka, rimski period
Veliko pozorište, rimski period
Kuća Djevice Marije, kapela u obliku krsta, sedam kilometara od Efesa, postala je glavno mestohrišćanskog hodočašća.
Bazilika svetog Jovana iz 5. vijeka
Džamija Isa bega i srednjovjekovno naselje na brdu Ayasuluk Hill pripadaju vremenu Seldžuka i Osmanlijskom carstvu.
