Smatra se da se ova natporodica odvojila od loze krokodila-gavijala ukasnoj kredi, prije oko 87 miliona godina.[3][4]Leidyosuchus izAlbete je najraniji poznati rod. Fosilni aligatoroidi pronađeni su u cijeloj Evroaziji, kao i kopnenim mostovima preko sjevernogAtlantika iBeringovog moreuza koji su povezivaliSjevernu Ameriku sEvroazijom tokom kredinih perooda,paleogena ineogena. Aligatori i kajmani podijelili su se u Sjevernoj Americi tokom ranog tercijara ili kasne krede (prije oko 53 miliona[4] do prije oko 65 miliona godina[3]) a potonji je u Južnu Ameriku stigao u paleogenu, prije zatvaranjaPanamske prevlake tokom neogenskog perioda. Kineski aligator se odvojio od američkog prije otprilike 33 miliona godina[4] i vjerovatno je potekao iz loze koja je prešlaBeringov kopneni most za vrijeme neogena. Moderni američki aligator dobro je zastupljen u fosilnim zapisimapleistocena.[5] Aligatorov punimitohondrijski genom sekvenciran je 1990-ih.[6] Cijeligenom, objavljen 2014. godine, sugerira da je aligator evoluirao mnogo sporije odsisara iptica.[7]
Loza, uključujući prave aligatore (Alligatorinae), javlja se u fluvijalnim naslagama dobagornje krede u Evropi, gdje nisu izumrli dopliocenskog doba. Prave aligatore danas predstavljaju dvije vrste,A. mississippiensis u jugoistočnom dijeluSjedinjenih Država, koji može narasti na 4,6 m i težiti 453 kg[8] i maliAlligator sinensis (kineski aligator u rijeciJangce, u Kini, raste u prosjeku do 1,5 m. Njihovo ime potječe odšpanskogel lagarto, što znači gušter.
USrednjoj iJužnoj Americi, porodica aligatora predstavljena je sa šest vrsta potporodiceCaimaninae, koje se razlikuju od aligatora po odsustvu koštanog septuma između nosnica, a imaju trbušni oklop sastavljen od preklapajućih koštanihskuta, od kojih je svaka sastavljena od dva dijela spojena šavom. Pored tri vrste u roduCaiman, opisani su glatki kajmani u roduPaleosuchus i crni kajman u roduMelanosuchus. Kajmani imaju tendenciju da budu pokretljiviji i sličniji krokodilu i imaju duže, oštrije zube od aligatora.[9]
C. crocodilus,spektakularni kajman, ima najširu rasprostranjenost, od južnogMeksika do sjeverne polovineArgentine, a naraste do skromne veličine oko 2,2 m. Najveći jeskoro ugroženiMelanosuchus niger,jacaré-açu ili veliki ilicrni kajman u slivuAmazona. Crni kajmani narastu do 16,5 stopa, sa najvećom zabilježenom veličinom 5,79 m. Crni kajman iamerički aligator jedini su članovi porodice aligatora koji predstavljaju jednaku opasnost za ljude kao i veće vrste porodice krokodila.
Iako kajmani nisu detaljno proučavani, zna se da su njihovi ciklusi parenja (za koje se ranije smatralo da su spontani ili cjelogodišnji) povezani s kišnim ciklusima i vodostajem rijeka, što povećava šanse za preživljavanje njihovih potomaka.
^abcPan, T.; Miao, J.-S.; Zhang, H.-B.; Yan, P.; Lee, P.-S.; Jiang, X.-Y.; Ouyang, J.-H.; Deng, Y.-P.; Zhang, B.-W.; Wu, X.-B. (2020). "Near-complete phylogeny of extant Crocodylia (Reptilia) using mitogenome-based data".Zoological Journal of the Linnean Society.191 (4): 1075–1089.doi:10.1093/zoolinnean/zlaa074.
^Brochu, Christopher A. (1999). "Phylogenetics, Taxonomy, and Historical Biogeography of Alligatoroidea".Society of Vertebrate Paleontology Memoir.6: 9–100.doi:10.2307/3889340.JSTOR3889340.