モダンなブラウザはポップアップブロック機能を搭載しているので、モダンなウェブアプリであればポップアップを使っているものはほぼ存在しないと思います。ただし、そういう世間の流れから取り残された、基本設計が一昔前の業務アプリなどを使っていると、どうしてもポップアップブロックを解除しなければならないことがあります。
個人的にはブラウザは1つのウィンドウに纏めておきたいので、ポップアップをタブとして開く方法を調べてみました。同様のことを Firefox で実現するためには about:config から browser.link.open_newwindow を 3 に browser.link.open_newwindow.restriction を 0 にすれば良いだけですが、Chrome ではやはり拡張機能を入れるしかないようです。
探した限りでは以下の拡張機能が設定項目もなく、シンプルで運用しやすそうです。
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