ずっと「ピアー」だと思っていたんですが、ちょっと調べてみたら違ってました。恥ずかしい。。。。。。。

PEAR :: Manual :: Introduction

PEAR is short for PHP Extension and Application Repository andis pronounced just like the fruit.

ということで「ペアー」というのが正しいみたいです。
洋ナシのことなんですね。だから、ロゴが洋ナシなのか！