《星际争霸：母巢之战》的游戏内容围绕星际间的三个种族——地球人的后裔人族、一种生物群体虫族和高度文明的外星神族——展开。玩家通过采集资源建设基地、发展军备，最终击败对手。《母巢之战》的游戏界面与《星际争霸》几乎完全相同，但资料片中各个种族中新增的数个作战兵种和单位升级使得游戏战场更为丰富，游戏平衡性亦更加趋于完善。与此同时，单人游戏的关卡也增加了难度，玩家需要更加注重战略战术才能取胜[6]。同样，游戏的人工智能引擎也得到了提升，电脑玩家将可选择更加强大及具有针对性的战术。新增兵种瓦尔基里护卫舰的攻击效果。在资料片的新单位中，人族的医疗兵可以在战斗中恢复生化单位的生命值；虫族的潜伏者能够在埋地状态发出攻击；而前作中于神族剧情中出现的黑暗圣堂武士则可以正式生产，并能够合体为一个施法单位黑暗执政官。每个种族还新增了一种空对空单位，使得空中战斗变得更加丰富。一些新的科技升级也在游戏中出现，使游戏对抗更为多元。游戏平衡性的修改削弱了一种屡遭非议的“快攻（Rush）”战略——即在游戏初期通过牺牲经济以达成快速生产兵力取得早期压制的战术。