ある日、突然、世界から人がいなくなった。人っ子ひとり、猫の子1匹いなくなった街を、ただ1人残された女の子・ミヤコが流離う。誰もいない町で、笑ったり怒ったり驚いたり赤面したりするミヤコは、やがて街に自分以外の“何か”がいることに気付く。人間なのか、それ以外の何かなのか、何も分からない“それ”を、ミヤコはオンノジと呼ぶことにした。
　　その後ミヤコはオンノジと接触し、その正体は人間が変化したフラミンゴだと知る。そこからミヤコとオンノジの、2人（1人と1匹）しかいない世界を巡るエピソードが描かれていく。

　　『ヤングチャンピオン』においては、『森のテグー』の連載終了（2010年10月）以降半年ぶりの連載作品。
　　タイトルの「オンノジ」について、vol.1の扉絵では【御の字】・・・［非常に結構なこと。ありがたいこと。「御」の字をつけてよぶべきほどのもの］と説明された。その後主人公のミヤコがもう片方の登場人物であるフラミンゴを「オンノジ」と命名した。
　　掲載ページ数は毎回4ページ。1ページに4コマ漫画が2本掲載される。なお1ページ目はページ右半分にタイトルロゴとミヤコの一言ネタが描かれるため、1回において4コマは通常7本描かれる。