《黑暗弥撒亚》的时间为《魔法门之英雄无敌5》20年后，亚莎(Ashan)世界是一个黑暗、残酷且不被宽恕的世界，有一个威胁着Ashan世界的末日预言：黑暗弥赛亚。在英雄无敌5中，魔鬼曾发动大战，企图让黑暗弥赛亚降生，毁灭世界。玩家在游戏中扮演的是一位名叫萨雷斯(Sareth)的魔法师学徒，为了能从强大的“黑暗弥撒亚”手中拯救世界，萨雷斯不断的学习魔法和战斗技艺等训练。