本作相当于外传作品，时间上设定在1代和3代之间，没有传统主角力丸登场，取而代之的是新角色凛。本作的主线流程为彩女与凛两位主角交替进行的形式，每一关都以时代剧的形式制作了片头和片尾，这样的安排使得游戏的故事显得更加紧凑和吸引人。游戏系统方面，除了细节上的微调以外，加入了一些Xbox版《回归之章》中新增的忍术以及动作，忍术评价以及忍术习得系统也得到了改良。作为核心的忍杀系统中加入完美忍杀的判定以及全新的多人忍杀系统，使得整体表演性和动作性更佳。游戏的故事剧情是接续前作，叙述在力丸失踪后，彩女于乡田领附近持续打听情报。在调查的途中，发现忍者们的秘密村落遭人袭击，而村人在留下‘黑屋’的名字后便断了气。正当彩女要离开时，遇上一位名为凛的女忍者，凛误会了彩女是杀害村人的凶手，故事于是由此展开。