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日本少年サッカーの最高峰・“ホーリーロード”の優勝チーム・雷門中サッカー部（イナズマイレブン）を中心としたオールスターチーム“新生イナズマジャパン”と、往年の少年サッカー世界一チーム“イナズマレジェンドジャパン”が、大勢の観客見守る中エキジビションマッチを開催。試合の興奮がクライマックスに達しようとしていたその時、一点にわかに空かき曇り、甚大な数の小さなロボット・LBXがスタジアムを覆い尽くし、襲ってくる。

松風天馬たちは圧倒的な数量で攻めるLBXたちに苦戦を強いられ、大混乱に陥った試合の中、再び天空から2機のLBXが飛来。しかし、そのLBXたちは他の敵性LBXを瞬く間に超絶的必殺武器で倒していく。そのLBXを操る者こそ最強のLBXプレイヤー・山野バンたちであった。

それは本来なら交わる事など有り得ない“超次元サッカー”と“LBX”が激突し、全世界を震撼させた恐るべき事件の幕開けに過ぎなかった・・・。