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また、あの魂の焦げるような熱いバトルがしたい！
新しいマシン、コバルトセイバーファイヤーを手に、ビーダマンの大会『ＷＩＮＮＥＲＳ（ウィナーズ）』の開催を待ちわびるヤマト。
そんなヤマトの元へ、ある日、ビーダ魔神の顔の型をした一つの小さなマシン―お知らせマシン－が届けられる。
『ＷＩＮＮＥＲＳ』へ参加を希望するビーダーは、大会本部から「お知らせマシン」に送られてくるヒントを頼りに、ビーダワールドの各地にあるとされるビーダマ『必殺球（ストライクショット）』を集めながら大会会場を目指す旅をしなければならない！それも、自分のマシンに合った必殺球という条件付きだ！
ヒントを頼りに、行く先々でビーバトルに勝利し、必殺球をゲット！
見事自分の愛機に合った必殺球を手にし、大会会場に辿り着いた者だけが本戦に進めるという仕組みだ！
数々の苦難を乗り越え、無事ＷＩＮＮＥＲＳの会場に辿り着いた者たちの中から決勝にすすむのは誰か？
そして、ヤマト達に忍び寄るB-デウスとは？！