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異世界「ビーダワールド」。
この世界では太古より球体を崇拝しており、その球体をぶつけあう競技「ビーダマン」が発達している。
熱きビー魂を持つ少年、大輪ヤマト。
彼の前にグレイという少年がビーダマン「コバルトブレ-ド」を求めて現れるところから話は始まる。実はヤマトは「ビーダワールド」を司る神、ビーダ魔人によって選ばれた「コバルトブレ-ド」の使い手だったのだ。
ビーダマンを手にすることによりバトルの楽しさや、それによって得る人との触れ合いを知ったヤマトは、強いビーダーを求めて大会に出場する。次々と卑怯な手で襲ってくる悪の集団「シャドウ」のメンバー達とのバトルで心技ともに成長したヤマトは、大会に優勝するのであった。
ヤマトが大会に優勝するとともに、ビーダワールドに平穏な日々が訪れた。しかし、それもつかのま、シャドウの大首領「マーダビィ」は組織を「ネオ・シャドウ」にパワーアップし、各地のビーダーを配下にしてビーダーの「ビー魂」を集め始める。彼らの真の目的はビーダ世界の支配か？
それとも？？
熱きビーバトルにより、真の友情を育み成長していくヤマトの行く手にあるものは一体何なのか・・・・？！