突如、ギャザリア帝国は、全銀河の惑星に対して侵略を開始する。ここエメラルドアースにおいても開戦してからはや1か月以上の月日が流れた。戦局はいまだこう着状態が続く。エメラルドアース軍本部は戦局打開のため、ゲリラ戦を主体とした特殊部隊第801小隊、コードネーム：コンディション・グリーンの設立を決定する。その隊長としてキース・ウィンターを指名する。しかしキースは多くの部下を戦死させた後悔からか一度は辞退し、除隊しようとする。妹のマリアが子供たちをかばって敵の銃弾を浴び死亡したため、隊長を引き受ける。かくして、ショウ・ヤザキ、ヤン・ノヴェラム、エドワード・T・マクレガン、ジョルジュ・ガルディーノの4人の部下やゼロ師団を率いる友人、フィリップ・エミット、オペレーターを務めるミレイ・ギャレットらと共にエメラルドアース奪還の戦いが始まる。
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