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日本の田舎にある小川村に住む星真一は漫画を描くことが好きな少年だった。

2024年、宇宙にある銀河系のすぐれた生物の集まりである銀河連盟では、地球の存続について激しい口論が繰り広げられていた。多数決は同数で決着がつかず、銀河連盟は調査員を派遣して地球の様子を探らせることにした。

W3（ワンダースリー）と呼ばれる銀河パトロールのボッコ、プッコ、ノッコの三人は、地球人に怪しまれないように、それぞれウサギ、カモ、馬の姿に変身し、小川村に潜入し調査を開始する。そこで彼らは真一と出会い、行動をともにすることになる。

一方、真一の兄、光一は家族にも身分を隠し秘密諜報機関フェニックスの一員として、兵器の開発拠点となっているエーグニ領のユダ島へ潜入していた。そこで待ち受けていたのはエーグニ警備隊のランプ少佐だった。

真一とワンダースリーは次第にランプの野望、群衆の混乱に巻きこまれていく。