電脳世界の邪悪な電脳生命体「ネビュラグレイ」が動き出す。ネビュラグレイによって、現実世界では、世界の彼方此方で建物や人々が電子データに分解されては消えていくという、大規模な非物質化現象が起こる。この現象の起きた地区を宇宙から見ると、それは巨大な回路図を描いていた。これを見た光熱斗の父・光祐一郎は何かを思い当たると、近くにいた息子でありネットセイバーでもある熱斗に、「ヒカリタダシプログラム」をデリートするよう命じる。それは熱斗の祖父の光正が作り出したプログラムであり、現在はトリニティブレイン社にあるという。そして、非物質化現象はデンサンシティでも起こり始める。
冒頭、熱斗はアミューズメントパークのプレオープンで行われたネットバトル大会に参加しているが、同プレオープンではデュエル・マスターズのデュエル大会も同時に開かれていて、同時上映の『デュエル・マスターズ』の主人公の切札勝舞がデュエルしている姿を熱斗が観戦しているという、ちょっとした共演も見られる。
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