実際には『モノアイガンダムズ』のストーリーを改変した内容となっており、ジオン側からの視点で描かれている。『モノアイガンダムズ』とは異なり明確な主人公はいないが、『モノアイガンダムズ』のシグ・ウェドナーの他、ディー・トリエルなどの新たなオリジナルキャラクターが登場する。また、GBAカートリッジ差込口にクリア済みデータがある『ADVANCE』を入れてゲームを始めると、本編スタート直前にアイテム補給イベントが発生してパーツが入手できる。
なお、宇宙世紀ルート（主に『1st』『Ζ』『ΖΖ』など）、平成ガンダムルート（主に『G』『W』『SEED』など）、隠しルートのライバルルート（ジェリド・メサ、トレーズ・クシュリナーダ、ナタル・バジルールなど、通常は敵側のキャラクターを使う）の3つのストーリーが収録されており、様々な軍の視点からIFストーリーを追うことが出来る。