西暦200X年。科学技術が高度に発達し、あらゆる電子機器がネットワークで制御される時代…。便利さが増す一方で、ネット犯罪は増加の一途を辿っていた。そんな中、人々はネットナビプログラムを操り、ウイルスや悪意あるプログラムに立ち向かうのだった。秋原町の小学生、光 熱斗もそんなネットバトラーの一人。相棒のロックマンとともに、数々の事件を解決してきた経験を持っている。そんな二人の元に、新たなる脅威が忍び寄る。過去からよみがえる、悪意の正体とは…！