游戏故事就发生在1969年东京的一所普通高中，一位电脑天才高中生的疯狂报复揭开了人魔神之战的序幕。与FC平台多数健康明亮的游戏主题相比，《女神转生》诞生之时就让人体验到完全不同的阴暗感觉。以贴近现实的现代社会作为故事背景，也大大加强了故事的感染力。游戏在系统上也十分另类，首创的“怪物捕捉”系统在其后的“口袋妖怪”等作品中大放光芒；“恶魔合成”系统也大大增加了游戏的多变性。“女神转生”还采用了类似《巫术》的3D视角迷宫画面，不过以FC的机能确实有点难以应付，经常让人晕头转向。也可算是美中不足的地方。