時は近未来。デジタルワールドとデジモンの存在の噂を聞いた主人公は、放課後に学校のパソコンを使っていると突如デジタルワールドに来てしまう。そしてクラヴィスエンジェモン(本編のストーリーではCVエンジェモンと表記される)をはじめとするデジモンたちの元で、デジファームでデジモンを育成したり、起きた事件や謎解き、育ているデジモンのリクエスト、そして正体不明の敵などを通じ、さまざまなフィールドで戦闘を行っていく。エンカウントで出現する敵デジモンは、スキャンデータを集めるとコンバートをして新たな自分のデジモンを増やすことが出来る。