メモリアルステージが収録され、新システムとしてクロスドライブによる合体攻撃がある。今回は補給ポイントの概念は無し。シナリオはフィオ編とニケア編の2つに分かれる。どちらもグリプス戦役からネオ・ジオン抗争を経て、「アイゼンラート」というオリジナルの組織がメインの敵となり、最終的には両ルート共に『SEED DESTINY』のストーリーへと突入する。シナリオ数はフィオ編は44、ニケア編は45、エクストラセッションを加えるとフィオ編、ニケア編とも52のシナリオがある。操作がほぼタッチペンのみに集約されているのも特徴である。

しかし、シリーズの特徴だったifストーリーが皆無に近く、グリプス戦役以前の作品はメモリアルステージで簡潔に補完されているのみである（クリア後に主人公キャラが自軍入りするがストーリーには絡まない）。