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モンスターの存在する異次元世界「六門世界」と、そこに眠る秘宝「モンモンアイテム」を研究していた科学者・柊一郎兵衛は、人間界と六門世界を結ぶ移動手段としてスットビドラゴン号を完成。一郎兵衛は、娘の柊六奈と、彼女のクラスメイトで同じく六門世界とモンスターの存在を信じてやまない少年・大矢門斗を連れて冒険の旅に繰り出す。しかし、同様に六門世界征服のためにモンモンアイテムを狙うコレクション伯爵一味が立ち塞がる。
モンコレナイトの2人（門斗と六奈）は六門世界のモンスター達と力を合わせ、コレクション伯爵を退治しながら2つの世界の友好のためにモンモンアイテムを探していく。