十月。世界各地突然發生羅馬正教徒的反科學示威遊行。這樣的反抗行動，無疑是對以學園都市為首的「科學勢力」的反彈。在世界一片混亂中，上条得知此事件的元凶是名為「C文書」的靈裝，他跟土御門元春一起前往「C文書」所在的法國觀光都市亞維農。在亞維農當地，上条跟天草式十字淒教的成員五和重逢，與她一起搜索「C文書」……但「神之右席」的左方之地，突然出現在他們面前。當科學與魔法交會時，上条當麻的故事就此開始！