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省吾がB.D.に敗れ去り、何処へともなく去って半年後。軍に智美の殺害容疑を掛けられたという理由もあり、新たな友人のライトニング率いる暴走族「TRASH（トラッシュ）」の元に身を隠していた省吾は、半年ぶりに由唯に再会する。その頃、街では軍に支配されたバハムートにより軍の広告塔と成り果てていたイヴを通して、人々を戦争に駆り立てるメッセージが連日流されていた。しかし、実はバハムートは完全には軍の管理下に落ちてはおらず、本来のイヴとも呼ぶべきもう一人のイヴ（軍によって作り出されたものではない、以前同様のイヴ）が現れ、7Gのオペレーターである省吾に対し、自分にコンタクトして欲しいとの呼び掛けを続けていた。省吾は半年間自分を待ち続けた由唯のわだかまりを身と心で解いて想いを伝えると、本来のイヴに会う為、そして彼女が何を自分に伝えようとしているのかを知る為、TRASHの助けを借りる。

その頃、デザルグは本格的なMZ侵攻を開始していた。MZ側の一部が極秘裏に試みていた平和的接触も空振りに終わり、迎撃に出た最新鋭艦FX-101とその護衛部隊も、デザルグの圧倒的な戦力の前には為す術もなく壊滅してしまう。一方、軍の手でプロトガーランドとして蘇っていたガーランドを入手した省吾は、軍の追跡をかわしながらバハムートに向かう。軍の攻撃に一人、また一人と仲間が犠牲になっていき、遂にはガーランドも大破してしまうが、省吾は軍の追撃で負傷した由唯と共に、やっとのことでイヴの元に辿り着いた。

イヴの言葉に省吾が、省吾の言葉にイヴが揺り動かされる…イヴの質問に対して自分が今したいこと、そして大人というのは汚い人々だ、という気持ちを話した省吾は、「自分がなりたかった大人になればいい」という返答をイヴから受け取った。傷の具合が思わしくない由唯をイヴに預けた省吾の眼前には、あのB.D.が再び現れる。半年前の出来事が蘇り、怒りに任せて飛びかかる省吾。B.D.が現れたその意図は!?　一方、遂にデザルグの自動攻撃弾の侵入を許してしまった市街地では、軍が一般人を避難させようと試みていたが、作業は遅々として進んでいなかった。

やがてイヴは、「ファイナル・プロテクション・モード」を発動させる。イヴの最後の歌声が響き渡る中、人々、建物、自動攻撃弾…全てを巻き込みながら、1980年代の東京は崩壊する。そんなMZとデザルグに月の防衛システム「A.D.A.M.」は、地球帰還の条件を満たしていないという結論を出し、一斉攻撃を始めた。しかしイヴは、その影響が及ぶ寸前にバハムートをMZから切り離し、省吾達を脱出させることに成功していた。

崩壊していくMZとデザルグを背に、バハムートは地球へと降り立つ。中から出てきた省吾達の目前には、再生した地球の大地が広がっていた…。