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幸せに満ち溢れた楽園のような孤児院「グレイス＝フィールドハウス」。そこで暮らす孤児たちは、母親代わりでみんなから“ママ”と呼ばれているイザベラのもと、里親に引き取られる年齢になる日を待ちわびていた。エマ（浜辺美波）、レイ（城桧吏）、ノーマン（板垣李光人）の３人も、いつか外の世界で暮らすことで、より幸せな日々がやってくると信じていた、“その日”がくるまでは…。
里親が見つかり、孤児院を笑顔で後にするコニーを見送ったエマとノーマンは、彼女が肌身離さず抱きしめていた人形が、食堂に落ちているのを偶然見つける。忘れ物の人形を届けるため、決して近づいてはいけないとママから教わっていた「門」に向かった２人がそこで目にしたのは、無残にも命を奪われ、食料として出荷されるコニーの姿だった。
そう、みんなが「楽園だと信じていた孤児院」は、実は「鬼に献上する食用児を育てる農園」で、さらには母親のように慕っていたママは「最上級の食用児を育てる飼育監」だったのだ。全てが偽りだったと気がついた３人は、孤児たち全員を引き連れた、無謀ともいえる脱獄計画をスタートさせる…。