120年前、宗主星との独立戦争の最終局面で行方不明となってしまった海賊船・黒鳥号から、当時の僚艦である弁天丸・オデット2世に救難信号が発信されて。同じく、僚艦であったバルバルーサもSOSを受け取り、赤色巨星へと赴く。そこでは、究極の破壊兵器・超新星爆弾の準備が進められていた―