時は近未来。 サイバネティクス技術と超巨大電脳複合体 『ユグドラシル』
による仮想空間での高速情報処理が可能になった世界。
そこでは電脳魔女（サイバーウィッチ） と呼ばれる女性テロリスト
たちによって反政府活動が行われていた。
道束シロウは総務省情報特務局第十三課に在籍していた優秀な情報局員
だったが、広域重要指定072号事件の被疑者を確保する際に同僚であった
如月亜騎子の裏切りにより、被疑者を逃してしまう。
さらに如月と内通して被疑者に手を貸したとの濡れ衣を着せられ、
服務規程違反の制裁として電脳複合体 『ユグドラシル』 への接続デバイス
を破壊する手術を受けさせられ、その際に視床下部など脳神経にダメージを
負い盲目になったうえ、特務局を追放される。
その後は 『電脳都市キサラヅ（ニュー・キサラヅシティ）』 で違法課改
造手術により、多数のセンサーを備えた特殊な義眼によって視覚を取り戻した。
しかし度重なる手術によって脳にダメージを負ったせいで異常な性欲を
持つようになってしまい、快楽系の電脳ドラッグ浸りになってしまう。
そして、そのドラッグ代を捻出するため違法の賞金稼ぎ
（バウンティ・ハンター） として汚れ仕事に手を染め暮らしている。
そんなある日、シロウの元に元上司である情報特務捜査局局長・
香我美＝E＝アナスタシアが現れた。
彼女はシロウを謎の女・竜宮禰々に引き合わせる。
そして香我美はシロウに、かつてシロウが失った 『ユグドラシル』 への
ダイブ能力の修復を代償に、電脳世界（スピリチュアル） で最も危険な
テロリストとして指名手配されているネクロマンサー（死人使い）と活動
を共にしている、“電脳魔女・キサラギ” の確保を依頼するのだった。
「“魔女” から “死人使い” に転職か……アイツらしくないな……」
彼女はネクロマンサーに電脳汚染されただけではないのか？　
元同僚は本当にテロリストになってしまったのか？
禰々の手により、特殊な接続デバイスを得て再びユグドラシルへの
ダイブが可能になったシロウは、様々な思惑を胸に陰謀とテクノロジー
と暴力の支配する電脳世界へと再び舞い戻る。