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• 01

時は近未来「20XX年」、世界中で核実験や戦争が頻発した結果、眠っていた多くの怪獣が目覚め、人類に牙を剥いた。これに対抗するため国連は地球防衛軍を結成した。同時に他の人類より身体能力の優れた一部の人間“ミュータント”による部隊「M機関」を組織した。彼らの最大の敵こそ、1954年以降世界を恐怖に陥れた怪獣王・ゴジラであったが、南極での轟天号との戦いにより、ゴジラは氷塊の中へ封じ込められた。

それから20年後、世界中で怪獣が一斉に出現し各地を蹂躙する。
しかし突如現れた謎の飛行物体が怪獣たちを消し去る。

飛行物体に乗っていた彼らはX星人と名乗り、地球に妖星ゴラスが迫っていること、それに対抗するために地球と手を結ぶことを申し出る。
醍醐国連事務総長の働きかけもあり、世界は歓迎ムード一色に包まれる。

しかし一部の者たちの調査の結果、妖星ゴラスはホログラムによる真っ赤な偽物であり、国連事務総長を筆頭に政府側の要職にある人物はことごとくX星人によって「入れ替わられていた」ことが判明する。

事実が露呈した時、X星人は本性を現し、操っていた全怪獣を開放する。
都市を蹂躙し地球防衛軍の空中戦艦をことごとく沈めて行く怪獣軍団。さらにミイラと化していた怪獣ガイガンまでもが復活し、地球は崩壊の危機を迎える。
世界が滅び行く中、脱出に成功した新・轟天号は南極へ向かう。
唯一操られている可能性がなく、最強の力を持つ怪獣、ゴジラを解放するために…