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果宝特攻成功拯救完水果世界后，由于在花果山大合唱庆祝造成第七层的崩塌，直接伤害到七色彩莲。为求保住七色彩莲，东方求败被外人蛊惑利用，接受了人类世界的忍术和其他技术去抢救彩莲，但同时也成为了拐带水果们的帮凶。方丈与果姥上山探望东方求败，无意间看出当中端倪，东方求败有灭口之意。果宝特攻赶到时，方丈与果姥为保存实力，一个装疯扮傻，一个诈死，方丈出狠招将果宝特攻打落悬崖，并且疯言疯语，让众人误会果宝特攻，使三剑客再无立足之地，必须远走他乡，从而避开东方求败的迫害。三剑客在小果叮的帮助下捡回一命，重新拾起斗志誓要查出真相。在小果叮的指示下，各人各尽所长，千方百计寻找莲珠。历经重重苦难，机甲在莲珠的洗礼下得到重生，三人不断提升自我，获得新的技能和必杀技，对方也得到力量加强和武器升级，加上神鬼莫测的忍术，三人多次陷入苦战。三剑客屡败屡战，在失败中成长，反败为胜。果宝女特攻们同样自强不息，创出新的招数和必杀技，来支援果宝特攻。众人在花果山汇合，迎来与东方求败的终极一战。几经艰辛终于获得胜利，但东方求败的失败并不意味事情结束。
果宝特攻们几经艰辛，终于来到花果山第七层，发现原来真正幕后黑手是外来人类忍者龟太公。单凭众人之力并不足以抗衡。这时，养精蓄锐的果宝老特攻们及时出手，两代特攻通力合作与龟太公周旋。这正是方丈和果姥计划好的联合作战计划。在敌我实力悬殊下，果宝特攻突破自我，进化成黄金果宝战神，与龟太公决一死战。最终，在七色彩莲和全体水果村民的齐心协力下，果宝特攻毁灭了龟太公的忍者机甲，获得了大胜利。