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无业人士金子彻平（加濑亮 饰）前往面试途中，挤上了一部异常拥挤的列车，下车时他被一位女中学生拉住衣袖，说他是刚才对她作出非礼（痴汉）行为的人。彻平在与中学生拉扯时作为现行犯被逮捕了，但是他确实没有做过，尽管警方不断劝说他认罪私了，很快就可以出去，但是他坚持自己是清白的，拒绝妥协，后来他更被检方起诉。在亲人、朋友和律师的帮助下，一场漫长的法庭辩论战开始了……


周防正行監督による、『Shall we ダンス?』以来10年ぶりの新作映画。前作の封切り後、時間をかけて続けた地道な調査活動を踏まえ、自ら「どうしても作りたかった」という、日本の刑事裁判、人質司法に疑問を投げかける社会派の作品である。監督は、2002年（平成14年）に東京高裁で逆転無罪判決が出された事件をきっかけに痴漢冤罪（ちかんえんざい）に関心を持ち始めた。自ら取材した数多くの冤罪事件の実在エピソードを作品中にちりばめるなど、痴漢冤罪事件を通じて、日本の被疑者取調べと刑事裁判の、人権軽視の実態を映像化している。
2007年（平成19年）8月には、第80回アカデミー賞・外国語映画部門に日本代表作品としてエントリーされた。また、同年5月には、スイス・ジュネーブで開催された国連の拷問（ごうもん）禁止委員会に合わせて現地で上映され、委員の過半数が映画を鑑賞したという。

主人公のモデルとなった一人に2005年（平成17年）、JR横浜線の電車内で女性に痴漢を働いたとされて東京都迷惑防止条例違反で逮捕・起訴された男性がいる（のち、訴因変更で強制わいせつ罪に格上げされた[1]）。男性は無罪を主張したが、2007年（平成19年）の一審で有罪判決が出され、懲役1年6ヵ月の実刑を言い渡された。『それでもボクはやってない』公開から2週間というこの時期に、痴漢の被疑としては異例の実刑判決が出されたことで、周防監督は男性の妻に「私の映画が裁判官の心証に影響したかもしれない。」と詫びた。
男性は控訴、上告したが、2008年（平成20年）12月に最高裁判所は上告を棄却し、有罪が確定した。この事件に関しては、テレビ朝日 『報道発 ドキュメンタリ宣言スペシャル』（痴漢事件で涙の収監「それでもパパはやってない」 = 2009年（平成21年）10月25日付放送）にて放送された。