聖遼学園高等部2年生の主人公・牧村功司（まきむらこうじ）は、控え目でおとなしい幼馴染・璃月沙夜（りつきさや）と、ひょんなことから付き合うことになった上級生・丹雫瑠羽奈（にしずくるうな）に囲まれ、賑やかながらもごく普通の生活をしていた。ある日、春日瑞希（かすがみずき）という少女が転校してくる。彼女は主人公に不思議な水晶を渡すと、「思い出して……」と謎めいた言葉を投げかける。会ったこともないはずなのに、でも確かに会った記憶があるその少女に戸惑う主人公。そして、なにかが始まる予感……。