バベルの籠城 - 梁山泊・BF団が相討ちとなり共倒れの結果に終わった最終決戦から10年の歳月が流れた。
国際警察連合の生き残りである銀鈴と鉄牛は輸送機の機上にいた。そこへ突如として何体ものBF団のロボットを率いた少年が襲撃してきた。少年の正体は草間大作――10年前に死んだはずの、梁山泊頭領だった!!　大作の目的は国際警察連合が発見したジャイアントロボを取り返すことだった。
死んだはずの大作が何故生きているのか?
何故10年前と同じ姿のままなのか?　彼がBF団と共に行動しているのは何故か?
多くの謎をはらんだまま、時代も登場人物も一新したジャイアントロボ最終章が始まった!!!