西暦2082年、日本の海上都市・新海 （シンハイ）―――
主人公・御影 悠也（みかげ ゆうや）と、義理の妹・御影 このか のふたりは、大人の身勝手な事情や様々な困難に振り回され、住む場所すら見失っていた。

そんな折、ホームレス生活を抜け出すため、悠也は裏の仕事に手を出すことに。
しかし仕事は失敗し、悠也は軍を指揮していた女に捕まってしまう。死をも覚悟した悠也だったが……女はなぜか悠也をスカウトしたのだった。

「頭のいい男の子は好きよ。だから私のものになって欲しいの」

悠也・このかのふたりは強制的に船に乗せられ、世界から隔離された絶海の孤島 『アリアス』へと送還される。

「うわ、あったかーい！　風、ぜんぜん冷たくないよ、悠ちゃん！」

そこは、どこまでも澄み切った空と、碧く煌びやかな海に囲まれた まるで楽園のような場所だった―――。

悠也たちは軍の秘密裏な監視下のもと、島の住人として普通に生活をし、島で唯一の学園に通うよう言い渡された。
こうして御影 悠也と御影 このかは、ホームレス生活から一転、絶海の孤島 『アリアス』で、普通の学園生活を送ることになるのだった。