本作は2009年8月に発売された『鋼の錬金術師 FULLMETAL ALCHEMIST -暁の王子-』の続編で、物語は月刊『少年ガンガン(スクウェア・エニックス刊)』で連載のコミックス『鋼の錬金術師』16巻に続く間のストーリーとして展開する。ゲームは、"セントラルシティ"を自由に移動しながら点在するキャラクターたちと会話をすることで進行。話すだけでなく、見る、触るなどといったさまざまなアクションも可能となっている。ミッションは、Wiiリモコンを駆使して障害物を回避したり、無線機のチャンネルを合わせて情報を入手したりと、ノンストップアクションから探偵推理アドベンチャーまでバラエティ豊か。登場人物はすべてハイクオリティの3Dモデルで再現されているので、アニメ版のファンも違和感なく楽しめる。