前作『バンジョーとカズーイの大冒険』にて、バンジョーとカズーイは宿敵・グランチルダと戦い、大岩に生き埋めにする形で倒してから2年が過ぎた。

グランチルダを封印している大岩は、部下であるクランゴがどかそうとしていたが、2年の歳月をかけても動かなかった。

一方バンジョーとカズーイは、クルクルやまのふもとの自宅でボトルズおよびマンボを相手に、トランプを使った賭博を行っていた。ゲーム展開が不利になったバンジョーとカズーイだが、カズーイはマンボとボトルズを「グランチルダが帰ってきた」と騙し、気をそらしてチップを盗んだ。

その直後、突然大きな地震が発生し、巨大なドリルマシンがクルクルやまのふもとの壁から現れた。マシンの中から2人の魔女・ミンジェラとブラウベルダが降りてくる。彼女達は姉であるグランチルダを助けるためにやってきたのだ。

先ほどの地震に不安を覚えたバンジョーたちだが、マンボが様子を見に行く。そこで見た光景は、2年間動かなかった大岩がミンジェラとブラウベルダの魔法で破壊される光景だった。そして、出てきたのは、骨だけになりながらも生きながらえていたグランチルダだった。

グランチルダの復活——これを知らせるためマンボはバンジョーの自宅へ戻るのだが、ミンジェラに気付かれたことで、復讐に燃えるグランチルダから追われることになる。マンボはどうにかバンジョーの自宅へ戻り、グランチルダが今まさに魔法で攻撃してくることを知らせ、みんなを避難させようとするが、ボトルズはまた騙されると思い込み、避難しようとしなかった。その直後、ボトルズを残したまま、本当にグランチルダの魔法がバンジョーの自宅を貫いてしまう。その後、グランチルダ達はドリルマシンに乗って出てきた壁へと消えていってしまった。

翌朝、無事だったバンジョー逹は壊された自宅の前に戻ってきたが、ボトルズの姿が見えない。すると自宅の中から真っ黒焦げになったボトルズがふらふらになりながら出てきて、その場で力尽きてしまった。バンジョーとカズーイはマンボと共に、ボトルズの敵討ちをするためグランチルダ逹を追いかける冒険に出発する。