西暦2023年の近未来、科学技術の進歩により、人類社会は発展を続けていた。ダニエル・キャリントンの開発した「反重力テクノロジー」はその象徴ともいえるものである。彼はこの技術などによって得た収入をもとに、武装工作員を擁し、武器開発と情報収集を行う団体「キャリントン協会」を設立し、世界中の最先端技術の開発状況を調査していた。

そのような背景の中、兵器関連企業である「データダイン社」が、人智を超越した高度な技術を利用した武器の開発を行い、不自然な急成長を遂げていた。

キャリントンがデータダイン社の急速な技術革新に疑念を抱き、その真相を突き止める足掛かりを模索していたそのとき、データダイン本社からキャリントン協会に「ドクター・キャロル」を名乗る人物からの救出要請が送られてきた。データダイン社の不穏な動きに切り込む大義名分を得たキャリントンは、完璧なテスト成績で「パーフェクト・ダーク」のコードネームをほしいままにする新人エージェント、ジョアンナ・ダークに出動命令を下すのであった。