人間と妖怪が平和に暮らす桃源郷。しかし、そんな桃源郷に突如として暗雲が立ち込める。負の波動によって各地の妖怪たちの暴走が広がる。そんななか、異変の元凶となっている牛魔王の蘇生実験を阻止するために三蔵一行は西へと向かっていた。
ストーリーは『最遊記』から約半年後、旅に出てから一年が経った桃源郷が舞台。前作『最遊記』に引き続き、彼らが1人の"男"として大きくなった過去編も充実している。ヘイゼル=グロースとその従者ガトという敵か味方か未だ分からない男たちも加わり、さらに現在（いま）と過去（むかし）を繋ぐ人物・烏哭三蔵法師も姿を現す。衣装も新たに再び弾が込められた彼らは、また強かに走り出す。